Как коронавирус оказался в России?

Александра Курчатова
4 августа
373 просмотра

Результаты исследования геномной эпидемиологии от команды ученых, которым доверяет «Купрум».

Команда ученых из Сколтеха, Высшей школы экономики, НИИ гриппа в Санкт-Петербурге и Института проблем передачи информации в Москве провели первое исследование геномной эпидемиологии коронавируса в России. Ученые выяснили, как он оказался в России и заражаются ли российским типом в других странах, сколько линий SARS-CoV-2 сейчас есть в нашей стране и работает ли карантин на самом деле. На данный момент опубликован препринт исследования, то есть работа еще не прошла рецензирование.

Геномная что?

Эпидемиология — это научная дисциплина, которая изучает закономерности возникновения и распространения различных заболеваний. Это необходимо для контроля заболеваемости и разработки профилактических мер.

В исследовании, о котором мы рассказываем, ученые восстанавливали историю возникновения и распространения вируса SARS-CoV-2 в России. Дело в том, что вирусы быстро мутируют, так что исследователи изучили мутации в последовательностях геномов из образцов, взятых у больных COVID-19, и сравнили их.

Что мы знаем про российский коронавирус?

Скорее всего, в Россию вирус впервые попал именно из Европы

Большинство последовательностей SARS-CoV-2 из России близки к линиям вируса, широко распространенным в Европе, и лишь 2% российских образцов принадлежали к азиатским линиям вируса.

Эпидемия в России случилась из-за 67 независимых интродукций (ввезений) вируса

Чтобы понять это, ученые сопоставляли генетические данные линий вируса с историями путешествий отдельных пациентов. При этом стало понятно, что многие ранние случаи завоза вируса не дали вспышек.

На данный момент в России циркулирует как минимум девять филогенетических линий (вариантов) вируса. Кроме того, ученые не нашли признаков вывоза SARS-CoV-2 из России в другие страны.

Карантинные меры все же эффективны

Отдельное внимание ученые уделили вспышке инфекции в больнице имени Вредена в Санкт-Петербурге, где в начале апреля были подтверждены первые случаи COVID-19 и введены карантинные меры. Отделения изолировали друг от друга и отключили внутрибольничную вентиляционную систему. Пациенты и медицинские работники оставались в пределах больницы на протяжении 35 дней. После введения изоляции вспышка статистически значимо пошла на спад, при этом оказала некоторое влияние на эпидемиологическую ситуацию в Санкт-Петербурге.

Мы задали несколько вопросов по поводу полученных данных одному из авторов исследования — Андрею Комиссарову, заведующему лабораторией вирусологии НИИ гриппа имени Смородинцева.

Чем интересна полученная в ходе исследования информация? И почему это важно?

Нам удалось показать, когда, откуда и примерно сколько раз SARS-CoV-2 был ввезен в Россию. Согласно генетическим данным, SARS-CoV-2 попал в Россию из европейских стран. Особняком стоит исследованная нами вспышка в Центре травматологии и ортопедии имени Вредена в Санкт-Петербурге, которую иногда называют российской «Diamond Princess». По полученным нами оттуда генетическим данным удалось оценить количество заносов вируса, его репродуктивное число и эффективность предпринятых мер. Детальный анализ таких кейсов, как Вреденский, позволяет узнать много интересного о распространении вируса.

Что может нам дать масштабирование такого исследования, если анализировать уже тысячи образцов?

Это поможет нам понять, как происходило и происходит распространение вируса в разных регионах России. Если получится получить доступ к архивным образцам из регионов на Дальнем Востоке, будет очень интересно поискать там исходные азиатские варианты SARS-CoV-2. Большие объемы данных делают результаты филогеографических исследований более надежными и открывают возможности для проведения исследований, которые трудно выполнить на маленьких выборках. Самым успешным мировым проектом по исследованию генетического разнообразия коронавирусов, несомненно, является британский консорциум COG-UK, которому удалось исследовать уже более 30 тысяч геномов.

Хотелось бы сделать что-то подобное и в России. Поэтому мы приглашаем всех к сотрудничеству в сфере секвенирования SARS-CoV-2: присоединиться или любым другим доступным способом помочь российскому консорциуму по секвенированию — CoRGI (коронавирусная российская генетическая инициатива). Это исследование — прекрасный пример того, какие интересные результаты можно получить, собрав в одну команду тех, кто имеет доступ к образцам и оперативно секвенирует (это наш институт, НИИ гриппа), и тех, кто любит и умеет анализировать данные (наши коллеги из Сколтеха, ИППИ и Высшей школы экономики).

Поможет ли это и подобные исследования в прогнозировании дальнейших событий? Например, что будет, если откроют границы?

Методами геномной эпидемиологии невозможно спрогнозировать количество заболевших. Но, безусловно, геномная эпидемиология позволит отследить перенос вирусов через границы. Информация о том, вызвана данная конкретная вспышка локальным или ввезенным из-за рубежа вариантом вируса, может быть полезной при принятии решений. Конечно, при условии, что образцы будут оперативно собраны, доставлены в лабораторию и исследованы. Сейчас, по нашим подсчетам, по России среднее время между взятием биоматериала и публикацией генетических данных вируса составляет около 25–35 дней. Нужно всеми силами стремиться к тому, чтобы сокращать его.

Об исследовании

Ученые исследовали 135 образцов вируса российских пациентов. Они провели секвенирование — то есть определили генетический код вирусов. К этим образцам добавили еще 76, которые секвенировали другие лаборатории. Все полученные данные загрузили в базу данных EpiCoV GISAID (GISAID — глобальное хранилище данных геномов вирусов гриппа и нового коронавируса).

Дальше исследователи сравнивали геномы вирусов друг с другом и с теми, которые в базу данных добавили вирусологи из других стран. Поскольку вирус накапливает одну мутацию за 2-3 передачи, совпадения или почти совпадения последовательностей означают их общее происхождение.

Например, если у двух человек генотипы двух вирусов совпадают, то можно предположить, что в цепочке передач между ними не очень много шагов: либо один заразил другого, либо они оба заразились от общего источника. А если один из российских вариантов вируса совпадает с какими-то вариантом из другой страны, то, вероятно, вирус был привезен в Россию оттуда.

Комментарии (0)